Pengadilan Negeri Kefamenanu membawahi wilayah hukum Kabupaten Timor Tengah Utara yang terdiri dari :
- Miomafo Barat
- Miomaffo Tengah
- Musi
- Mutis
- Miomaffo Timur
- Noemuti
- Bikomi Selatan
- Bikomi Tengah
- Bikomi Nilulat
- Bikomi Utara
- Naibenu
- Noemuti Timur
- Kota Kefamenanu
- Insana
- Insana Utara
- Insana Barat
- Insana Tengah
- Insana Fafinesu
- Biboki Selatan
- Biboki Tanpah
- Biboki Moenleu
- Biboki Utara
- Biboki Anleu
- Biboki Feotleu